MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis L2b/UCH-2 plasmid pL2bUCH2

Total Repeats: 167

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020956	TGG	2	6	7	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020956	TGG	2	6	29	34	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020956	TGG	2	6	51	56	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020956	TTG	2	6	79	84	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020956	GTT	2	6	167	172	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478454923
6	NC_020956	A	6	6	230	235	100 %	0 %	0 %	0 %	478454923
7	NC_020956	AT	3	6	449	454	50 %	50 %	0 %	0 %	478454923
8	NC_020956	T	6	6	495	500	0 %	100 %	0 %	0 %	478454923
9	NC_020956	T	8	8	553	560	0 %	100 %	0 %	0 %	478454923
10	NC_020956	ATTG	2	8	605	612	25 %	50 %	25 %	0 %	478454923
11	NC_020956	T	6	6	666	671	0 %	100 %	0 %	0 %	478454923
12	NC_020956	A	7	7	699	705	100 %	0 %	0 %	0 %	478454923
13	NC_020956	GGA	2	6	755	760	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478454923
14	NC_020956	AAC	2	6	824	829	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478454923
15	NC_020956	GT	4	8	991	998	0 %	50 %	50 %	0 %	478454923
16	NC_020956	A	6	6	1090	1095	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020956	TCT	2	6	1120	1125	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478454924
18	NC_020956	TCT	2	6	1137	1142	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478454924
19	NC_020956	ATC	2	6	1167	1172	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478454924
20	NC_020956	GA	3	6	1306	1311	50 %	0 %	50 %	0 %	478454924
21	NC_020956	CCA	2	6	1336	1341	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478454924
22	NC_020956	TAA	2	6	1429	1434	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478454924
23	NC_020956	TCTG	2	8	1443	1450	0 %	50 %	25 %	25 %	478454924
24	NC_020956	GAAA	2	8	1469	1476	75 %	0 %	25 %	0 %	478454924
25	NC_020956	TTG	2	6	1484	1489	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478454924
26	NC_020956	CCT	2	6	1539	1544	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478454924
27	NC_020956	T	8	8	1585	1592	0 %	100 %	0 %	0 %	478454924
28	NC_020956	AGGA	2	8	1602	1609	50 %	0 %	50 %	0 %	478454924
29	NC_020956	A	6	6	1661	1666	100 %	0 %	0 %	0 %	478454924
30	NC_020956	TGC	2	6	1757	1762	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478454924
31	NC_020956	AAG	2	6	1789	1794	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454924
32	NC_020956	T	6	6	1811	1816	0 %	100 %	0 %	0 %	478454924
33	NC_020956	A	6	6	1905	1910	100 %	0 %	0 %	0 %	478454924
34	NC_020956	TGTT	2	8	1935	1942	0 %	75 %	25 %	0 %	478454924
35	NC_020956	ATA	2	6	1962	1967	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478454924
36	NC_020956	TGC	2	6	2070	2075	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478454924
37	NC_020956	AAT	2	6	2146	2151	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020956	GTT	2	6	2155	2160	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020956	T	7	7	2182	2188	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020956	GTT	2	6	2247	2252	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478454925
41	NC_020956	TCA	2	6	2328	2333	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478454925
42	NC_020956	GCG	2	6	2415	2420	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	478454925
43	NC_020956	ATG	2	6	2465	2470	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478454925
44	NC_020956	GAT	2	6	2518	2523	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478454925
45	NC_020956	GT	3	6	2530	2535	0 %	50 %	50 %	0 %	478454925
46	NC_020956	GAA	2	6	2542	2547	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454925
47	NC_020956	AT	3	6	2705	2710	50 %	50 %	0 %	0 %	478454925
48	NC_020956	A	8	8	2745	2752	100 %	0 %	0 %	0 %	478454925
49	NC_020956	TTCT	2	8	2781	2788	0 %	75 %	0 %	25 %	478454925
50	NC_020956	TGA	2	6	2820	2825	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478454925
51	NC_020956	AGC	2	6	2865	2870	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478454925
52	NC_020956	TTG	2	6	2981	2986	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478454925
53	NC_020956	ATT	2	6	2992	2997	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478454925
54	NC_020956	TC	3	6	3042	3047	0 %	50 %	0 %	50 %	478454925
55	NC_020956	AGA	2	6	3051	3056	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454925
56	NC_020956	ATT	2	6	3057	3062	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478454925
57	NC_020956	AGA	2	6	3069	3074	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454925
58	NC_020956	TTAAT	2	10	3134	3143	40 %	60 %	0 %	0 %	478454925
59	NC_020956	AGA	2	6	3171	3176	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454925
60	NC_020956	AT	3	6	3257	3262	50 %	50 %	0 %	0 %	478454925
61	NC_020956	GTTT	2	8	3307	3314	0 %	75 %	25 %	0 %	478454925
62	NC_020956	AGGA	2	8	3427	3434	50 %	0 %	50 %	0 %	478454925
63	NC_020956	TCT	2	6	3439	3444	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478454925
64	NC_020956	A	6	6	3538	3543	100 %	0 %	0 %	0 %	478454925
65	NC_020956	TCA	2	6	3571	3576	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478454926
66	NC_020956	GAA	2	6	3610	3615	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454926
67	NC_020956	TTTC	2	8	3687	3694	0 %	75 %	0 %	25 %	478454926
68	NC_020956	AGC	2	6	3713	3718	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478454926
69	NC_020956	GTT	2	6	3768	3773	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478454926
70	NC_020956	GGAT	2	8	3807	3814	25 %	25 %	50 %	0 %	478454926
71	NC_020956	AAG	2	6	3907	3912	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454926
72	NC_020956	TAG	2	6	4003	4008	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478454926
73	NC_020956	GAA	2	6	4071	4076	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454926
74	NC_020956	ATATAG	2	12	4078	4089	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478454926
75	NC_020956	CAG	2	6	4276	4281	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478454926
76	NC_020956	ACGTTA	2	12	4342	4353	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478454926
77	NC_020956	AT	3	6	4364	4369	50 %	50 %	0 %	0 %	478454926
78	NC_020956	A	7	7	4407	4413	100 %	0 %	0 %	0 %	478454926
79	NC_020956	TTGG	2	8	4456	4463	0 %	50 %	50 %	0 %	478454926
80	NC_020956	AGA	2	6	4470	4475	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454926
81	NC_020956	TTC	2	6	4496	4501	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478454926
82	NC_020956	CT	3	6	4506	4511	0 %	50 %	0 %	50 %	478454926
83	NC_020956	A	6	6	4512	4517	100 %	0 %	0 %	0 %	478454926
84	NC_020956	TAAA	2	8	4531	4538	75 %	25 %	0 %	0 %	478454926
85	NC_020956	GAA	2	6	4548	4553	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454926
86	NC_020956	ATTA	2	8	4602	4609	50 %	50 %	0 %	0 %	478454926
87	NC_020956	ATTT	2	8	4636	4643	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020956	A	6	6	4656	4661	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020956	ATA	2	6	4724	4729	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478454927
90	NC_020956	AAT	2	6	4770	4775	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478454927
91	NC_020956	ACA	2	6	4783	4788	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478454927
92	NC_020956	AAT	2	6	4846	4851	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478454927
93	NC_020956	TGG	2	6	4938	4943	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478454927
94	NC_020956	TTG	2	6	4958	4963	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478454927
95	NC_020956	TTG	2	6	5017	5022	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478454927
96	NC_020956	AAC	2	6	5032	5037	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478454927
97	NC_020956	TAA	2	6	5049	5054	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478454927
98	NC_020956	AGG	2	6	5103	5108	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478454927
99	NC_020956	CAG	2	6	5168	5173	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478454927
100	NC_020956	ATT	2	6	5176	5181	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478454927
101	NC_020956	GGC	2	6	5197	5202	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	478454927
102	NC_020956	GTT	2	6	5203	5208	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478454927
103	NC_020956	TCA	2	6	5263	5268	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478454927
104	NC_020956	ATT	2	6	5302	5307	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478454927
105	NC_020956	T	6	6	5433	5438	0 %	100 %	0 %	0 %	478454927
106	NC_020956	CAAA	2	8	5452	5459	75 %	0 %	0 %	25 %	478454927
107	NC_020956	A	6	6	5509	5514	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020956	TTA	2	6	5567	5572	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478454928
109	NC_020956	A	6	6	5590	5595	100 %	0 %	0 %	0 %	478454928
110	NC_020956	CAA	2	6	5707	5712	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478454928
111	NC_020956	ATT	2	6	5730	5735	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478454928
112	NC_020956	A	6	6	5784	5789	100 %	0 %	0 %	0 %	478454928
113	NC_020956	T	6	6	5885	5890	0 %	100 %	0 %	0 %	478454929
114	NC_020956	GGA	2	6	5902	5907	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478454929
115	NC_020956	ACA	2	6	5917	5922	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478454929
116	NC_020956	A	6	6	5965	5970	100 %	0 %	0 %	0 %	478454929
117	NC_020956	TCT	2	6	6007	6012	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478454929
118	NC_020956	ATCA	2	8	6084	6091	50 %	25 %	0 %	25 %	478454929
119	NC_020956	A	7	7	6102	6108	100 %	0 %	0 %	0 %	478454929
120	NC_020956	CAT	2	6	6131	6136	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478454929
121	NC_020956	AAC	2	6	6184	6189	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478454929
122	NC_020956	ATA	2	6	6238	6243	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478454929
123	NC_020956	CCTAG	2	10	6253	6262	20 %	20 %	20 %	40 %	478454929
124	NC_020956	AAG	2	6	6275	6280	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454929
125	NC_020956	TTG	2	6	6284	6289	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478454929
126	NC_020956	AATT	2	8	6299	6306	50 %	50 %	0 %	0 %	478454929
127	NC_020956	TTCTA	2	10	6330	6339	20 %	60 %	0 %	20 %	478454929
128	NC_020956	TCGG	2	8	6370	6377	0 %	25 %	50 %	25 %	478454929
129	NC_020956	GAA	3	9	6385	6393	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454929
130	NC_020956	GAT	2	6	6424	6429	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478454929
131	NC_020956	TA	3	6	6451	6456	50 %	50 %	0 %	0 %	478454929
132	NC_020956	T	6	6	6488	6493	0 %	100 %	0 %	0 %	478454929
133	NC_020956	CAA	2	6	6494	6499	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478454929
134	NC_020956	TCG	2	6	6504	6509	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478454929
135	NC_020956	TC	3	6	6517	6522	0 %	50 %	0 %	50 %	478454929
136	NC_020956	TCT	2	6	6531	6536	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478454929
137	NC_020956	AGA	2	6	6540	6545	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454929
138	NC_020956	AGA	2	6	6582	6587	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478454929
139	NC_020956	A	7	7	6674	6680	100 %	0 %	0 %	0 %	478454930
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.